Το ιδρυτικό διάταγμα του Πανεπιστημίου Κρήτης δημοσιεύτηκε το 1973. Έδρα ορίστηκε το Ρέθυμνο, όπου βρίσκεται η Φιλοσοφική Σχολή, ενώ στο Ηράκλειο εγκαταστάθηκε η Σχολή Θετικών Επιστημών. Έχει πέντε Σχολές σε δύο πανεπιστημιουπόλεις, στο Ρέθυμνο και το Ηράκλειο, με στενή σύνδεση έρευνας και εκπαίδευσης. Στόχος του είναι να μπει στα 300 κορυφαία πανεπιστήμια του κόσμου ως το 2030.